Muzeum dr. Aleše Hrdličky nese jméno humpoleckého rodáka, světoznámého antropologa dr. Aleše Hrdličky. Bylo založeno roku 1895 s cílem shromažďovat duchovní a hmotné památky charakterizující oblast českého Horácka. Z sebraných předmětů vznikla první národopisná expozice. V roce 1969 byla v muzeu u příležitosti celostátních oslav 100. výročí narození dr. Aleše Hrdličky otevřena antropologická expozice a ve městě byl k této příležitosti uspořádán I. mezinárodní antropologický kongres, na který se sjeli vědci z celého světa. Malé národopisné muzeum tak vešlo ve známost široké laické i odborné veřejnosti také jako muzeum antropologické.

V posledních letech prošlo muzeum řadou výrazných změn. V říjnu 2025 byla veřejnosti otevřena zcela nová moderní národopisná expozice, uspořádaná do tematických celků a doplněná o interaktivní prvky a krátký animovaný film o lnářství a soukenictví. V roce 2019 se návštěvníkům představila nová podoba antropologické expozice, propojená s pracovnou dr. Hrdličky a indiánskou vesničkou. Obě hlavní expozice – antropologická i národopisná – zabírají každá celé jedno patro muzea a tvoří jeho základní osu.

V přízemí na národopis volně navazuje expozice Jak se žilo, jak se šilo (2014), věnovaná práci švadlen a ševců.  Expozice loutek (otevřena 2009), je určená zejména dětem, a stálá výstava minerálů, představující zajímavé ukázky nerostů z regionu. Díky místním sběratelům se sbírka již několikrát rozrostla a těší se zájmu studentů, odborníků i široké veřejnosti.

Stálá výstava Peklo, umístěná v podzemí výstavního sálu na Dolním náměstí ukazuje veselé i zlobivé keramické čerty a permoníky, které vytvořili žáci výtvarného oboru ZUŠ Gustava Mahlera v Humpolci.

Kromě stálých výstav a expozic muzeum pořádá během roku krátkodobé výstavy, které se konají ve dvou výstavních sálech – v hlavní budově a v pobočce na Dolním náměstí.
Součástí muzejního programu jsou také přednášky, edukační programy pro školy a oblíbené muzejní vycházky, které seznamují veřejnost s historií, přírodou i pamětihodnostmi Humpolecka.

Od roku 2011 má Muzeum dr. A. Hrdličky bezbariérový přístup.